Çölyak hastalığı, buğday, çavdar, arpa ve yulafta bulunan gluten adlı proteine karşı alerjidir. Gluten içeren tahıl çeşitleri veya gıda maddeleri tüketildiğinde bağırsakta iltihaplanma olur. Bağırsak hücrelerinin yüzeylerinde bulunan küçük ince uzantılar (vilüs) iltihaba bağlı olarak azalır veya kaybolur ve ince bağırsak yüzeyi zarar görür. Böylece vücut, protein, yağ, karbonhidrat, vitaminler ve mineraller gibi gerekli besin maddesini alamaz veya kısmen alabilir. Belli bir süre sonra, özellikle genç hastalarda olmak üzere, ortaya emilim bozukluğu (malabsorpsiyon) çıkar
